1976年,耿军出生在黑龙江省鹤岗市。他的父母是普通的农民,还有个弟弟。为了兄弟俩的学业,父母带着他们来到鹤岗定居。耿军性格开朗,天性调皮,是邻居间的孩子王。那时在家看电视剧或到录像厅看电影,是孩子们的共同喜好,耿军也不例外。他对当时播出的《西游记》《少林寺》,还有一些香港电影都非常痴迷。那时他的弟弟每周到文化宫去学画画,他也跟着一起去玩儿。之后,渐渐地受到美术班学生的影响,他也喜欢上了艺术构造,文学书和电影画面,还和美术班的学生一起到图书馆翻看《大众电影》《当代歌星》等杂志。尽管喜欢艺术,但遗憾的是,他中考时语文成绩虽然接近满分,而数学成绩却差的可怜,因此他只好到粮食中专选学了俄语专业。上了中专后,他成为班里最活跃的学生,经常编排幽默搞笑的小品,包揽了学校艺术节的语言类节目,受到老师和同学们的欢迎。课余时间,图书馆依旧是他最常去的地方。他还与同学尝试着写起了小说。1996年,中专毕业后前往北京,先后从事过速冻饺子推销员,宾馆客房服务生等职业。
耿军2000年初,在专业电影人的推荐下,耿军加入了北京影迷和影视创作者建立的综合社团——实践社。2002年,执导个人首部短片《山楂》。2003年,拍摄DV短片《散装日记》,该片获得第1届国际DV论坛年会剧情片优秀奖。2004年,他拿出自己当时的7000元全部积蓄,拍摄了DV故事片《烧烤》,该片入围法国南特电影节新电影单元,荷兰鹿特丹电影节未来电影单元。2008年,自编自导剧情电影《青年》,该片入围罗马电影节主竞赛单元。2010年,执导纪录片《诗与病的旅程》。2013年,执导由徐刚,张志勇,薛宝鹤联袂主演的剧情电影《锤子镰刀都休息》,该片获得第51届台湾电影金马奖最佳创作短片奖。2015年,执导纪录片《没有电影的电影节》。2017年,执导由徐刚,张志勇等联合主演的犯罪喜剧电影《轻松+愉快》,入围第54届台湾电影金马奖最佳剧情片奖和最佳导演奖。2018年,执导由章宇,马丽主演的喜剧电影《东北虎》,该片讲述了一只东北虎,一只狗,一个铲车司机,一个中学老师,一个诗人,一个讨债者,一个孕妇之间的矛盾。2019年,担任剧情电影《回南天》的制作人。2021年12月30日,耿军执导的电影《东北虎》宣布定档2022年1月14日上映,同时发布定档海报。2022年,参演电影《一直一直都很喜欢你》上映。2023年1月,监制的喜剧片《辽河的士》入围第6届平遥国际电影展“发展中电影计划”。9月8日,参演的《永安镇故事集》定档。
在耿军的影视作品中,反映的很多都是发生在他身边的事儿。他拍电影的地点很多都是在鹤岗,并且其作品一直以家乡鹤岗的平民生活状态和社会面貌为主题。阴暗中不乏幽默,批判中夹杂自嘲,是耿军作品的最大风格特点。在电影《锤子镰刀都休息》中,也将他的这一风格发挥到极致,该片用饱含温情和人文关怀的视角,讲述了一个发生在底层民众身上的荒诞故事。之前在《烧烤》《飞机》里初步展现的黑色幽默在这部片子里表现得更加成熟。他的黑色幽默不是一种低级的插科打诨,而是以悲悯的姿态看待底层的苦难,笑中带泪。
2021年12月消息,电影《东北虎》定档2022年1月14日上映,同时发布定档海报。影片曾获第24届上海国际电影节金爵奖最佳影片,讲述一群啼笑皆非的小人物故事,由耿军执导,章宇,马丽主演。